De Herkenrodemolen bevindt zich achter de gebouwen van de abdijsite Herkenrode en werd reeds vernoemd in 1233.

In 1824 brak er een brand uit en werd een groot deel van de molen verwoest. De ruïne werd in 1836 heropgebouwd. Het molenwerk werd toen gehaald uit de dorpsmolen van Genk. De molen werd nog tot eind jaren 1960 gebruikt om graan te malen.

In 1974 werd de watermolen samen met de abdijsite beschermd als monument. In 1980 stortte echter een deel van de molen in en een hoek spoelde weg. Hierna werd het gebouw gestut en de bedding van de Demer omgelegd.

In 1999 werden er plannen gemaakt om de watermolen te herstellen en er elektriciteit mee op te wekken. In september 1999 stortte het dak volledig in en werden de plannen afgelast. De abdijsite en de molen kwamen hierna in handen van Erfgoed Vlaanderen vzw, die vanaf 2005 zorgde voor de restauratie. In april 2006 werd de karkasrestauratie van de abdijmolen afgerond. Aan de restauratie van het interieur, molenwerk en molenrad wordt nog gewerkt.